通勤のため自動車等を使用している給与所得者に支給する通勤手当の非課税限度額の引上げにかかる所得税法施行令の一部を改正する政令が、11月19日に公布され、翌20日から施行されている。
　改正後の非課税限度額は、今年4月1日以後に支払われるべき通勤手当に適用。改正前に既に支払われた通勤手当については、改正前の非課税限度額を適用して所得税等の源泉徴収が行われているが、改正後の非課税限度額を適用した場合に過納となる税額がある場合には、今年の年末調整で精算する。
　具体的には、まず「令和7年分給与所得に対する源泉徴収簿」の余白に「非課税となる通勤手当」と表示。その余白に、改正前の非課税限度額を適用したところで源泉徴収した通勤手当のうち、改正後の非課税限度額により新たに非課税となった部分の金額を計算して、その計算根拠と非課税金額を記入する。
　また、源泉徴収簿の各記入欄のうち、年末調整-給料・手当等①には、給料・手当等-総支給金額-計①の金額から、改正後の非課税限度額により新たに非課税となった金額を差し引いた後の金額を記入。これらの手続により、新たに非課税となった金額が今年の給与総額から一括で差し引かれるため、差引後の給与総額を基に年末調整を行う。
　既に支払われた通勤手当が改正前の非課税限度額以下であれば精算手続は不要だ。